日本念语学院有年纪限制吗？
1、从题主的描述里，“想明年四月中申请”，“今年十三岁”，“想考早稻田大学”来看 大概率是想去日本考大学的留学生（不是不想去日本留学的日本人）
2、因为不知道题主具体想要问什么，所以大概回答一下日本的国公立大学和部分私立大学对留学生的招生年龄限制。
a). 国立公立大学基本上没有明确说明招收留学生的年龄限制。但是一般来说，如果学生是在国内完成的高中(或者相当于高中的中专、技校等)学业，那么申请日本国公立大学的理工科专业是比较困难的。因为日本国公立大学普遍不直接面向中国招生，而是通过日本的中心考试制度来选拔。这个考试的对象是日本国内的应届高考生和应届生。
b). 部分的私立大学在招生简章里会写出「外国人留学生入学许可」的名额，这个名额一般会占到总入学名额的10-30%不等。而且这种名额并不是学校固定只给某个国家的学生，比如东洋大学在2018年本科新设的工科类专业里就给到了中国学生6个左右的名额，而法政大学同样在2018年增设的法务学科也给了中国学生5个名额（详情请见东洋大学和法政大学本科的招生简章，链接如下： 东洋大学 https：//www.toukyou.ac.jp/449-2.html 法政大学 https：//www.hosei.ac.jp/845-2.html )。
除了单独给出「外国人留学生入学许可」名额的大学外，还有一部分大学会在总录取人数当中统一留给外国学生一定比例的人数，这部分大学一般会对留学生有一定数量要求，例如东京理科大学2017年度就只录取了15名留学生（理科），而文法类的大学往往对留学生的语言要求很高，大部分在N1以上，个别如明治大学要考到N1以上的成绩才能报名。